Остановить все

./seahub.sh stop
./seafile.sh stop

Убрать мусор

./seaf-gc.sh

http://manual.seafile.com/maintain/seafile_gc.html

Проверить библиотеки

./seaf-fsck.sh

http://manual.seafile.com/maintain/seafile_fsck.html

Запустить все

./seafile.sh start
./seahub.sh start-fastcgi

Темы живут тут
/var/www/seafile/seafile-server-5.1.1/seahub/seahub/templates/

Перекрываются этим
/var/www/seafile/seahub-data/custom/templates/