Остановить все
./seahub.sh stop
./seafile.sh stop
Убрать мусор
./seaf-gc.sh
http://manual.seafile.com/maintain/seafile_gc.html
Проверить библиотеки
./seaf-fsck.sh
http://manual.seafile.com/maintain/seafile_fsck.html
Запустить все
./seafile.sh start
./seahub.sh start-fastcgi
Темы живут тут
/var/www/seafile/seafile-server-5.1.1/seahub/seahub/templates/
Перекрываются этим
/var/www/seafile/seahub-data/custom/templates/